3.风险评估原则
（1）风险评估程序
各成员国必须在对实际风险进行评估的基础上制定SPS措施。风险分析中使用的参数通常包括重要的安全限制，如一项预防措施。如果一个国家关注进口水果中的农药残留量，它有两个选择方案:或者采用现有的国际标准来证明其制定的措施是正确的；或者自己进行风险评估来评价食源性风险及可能产生的结果。《SPS协定》鼓励应用系统的方法来进行风险评估。像成员国进行食源性风险或动植物健康评价所采用的程序和决策中考虑的因素一样，所有须考虑的因素都必须应其它成员国的要求提供给对方。风险评估可以是定性的或者定量的，特别是定量的风险评估要求有专门的技术、足够的卫生和植物卫生水平，其费用昂贵，并且可能会超出国家预算的限制及其有限资源所能承受的范围。这意味着直接采用已经制定好的国际标准具有明显的优势。
（2）风险管理决策中的一致性
WTO成员有权决定其适当的卫生保护水平。但是，该水平应该反映出其卫生保护水平，而不应出于在竞争情况下保护本国产品为目的。特别地，在健康风险相似的情况下，可接受的风险保护水平也应该是相似的，如果采用不一致的风险保护水平，将对国际贸易产生歧视或隐蔽的限制。
（3）SPS措施的选择
采用不同的方法可以达到相同的可接受的风险保护水平。一旦成员政府决定了其适当的卫生及植物卫生保护水平，该成员不应当选择那些比实际保护需要更严厉，并对贸易产生更大限制的措施。完全禁止小麦进口或许是一个使消费者避免农药残留危害的措施，但是，按照《SPS协定》的规定，进口国在考虑选择禁止措施时，在头脑中不仅仅要有卫生和植物卫生保护的概念，还应该考虑到该措施对贸易造成的潜在影响。在进口口岸对进口小麦采取随机抽样检测最大农药残留的措施，这项措施与完全禁止小麦进口相比能够极大地降低SPS措施对贸易的影响，而且，符合相关农药残留限量要求的小麦也能够在国内市场上安全地销售。
（4）例外
《SPS协定》允许各成员在尚没有足够科学证据证明其措施的合理性的紧急情况下采取预防性措施。例如，随着1996年疯牛病造成的恐慌，在缺少足够的科学证据的情况下，允许成员立即出台几项紧急禁令，禁止与疯牛病有关的产品进口。但是，这些紧急措施只是临时性的。在一个合理的期限内，政府必须寻求资料，以便进行更客观的风险分析，并相应地对其措施进行审议。
4.非疫区原则
（1）原则
各成员国政府应当承认不以行政区对有害生物的分布进行界定的非疫区原则，这就是说，非疫区可以是一个国家的部分地区，也可以是涵盖若干个国家的部分地区。产品的要求应当与这些区域的生态条件相适应，例如，像口蹄疫这样的动物疾病可能就只局限在一个国家的部分地区。过去，进口国常常要求出口国的全部地区都是某种有害生物的非疫区才能批准其产品进口，换句话讲，如果一个国家的部分地区流行某种有害生物可能会导致整个国家的产品被禁止。现在，来自某个国家非疫区的产品将依据这个地区有害生物疫情进行考虑，而不应考虑这个成员境内其它地区的有害生物疫情情况。
（2）举证的责任
出口国(如同等效原则)有举证的责任来证明其国内特定地区不存在某种有害生物。出口国必须允许来自进口国的专家对所涉及的地区及其采取措施防止有害生物传播的情况进行考察。最近国际兽疫局制定了一套措施来确定某个国家或地区是否是某种疫病的非疫区。
5.透明度原则
（1）国家通报机构
每个WTO成员必须指定一个中央政府机构来负责通报程序的执行。在成员政府生效一项新的卫生与植物卫生法规，或对一项与国际标准不符且对国际贸易造成限制的法律进行修订时，必须向WTO秘书处进行通报。WTO秘书处将定期向成员国散发一份各国国家通报机构及其地址的名单。
（2）国家咨询点
成员政府也必须设立国家咨询点，在其贸易方对实施的食品安全与动植物卫生法规、现行的等效协定或有关风险评估程序及决策等问题进行咨询时提供服务。咨询点应该能够解答所有与SPS措施有关的合理的质询，并且能够提供向WTO进行通报的新的或修订过的法规以及其它相关文件。
（3）通报程序
·常规程序
成员国必须通过WTO秘书处，就新制定的或修订过的、将对贸易产生影响且不同于国际标准的国家卫生及植物卫生法规向WTO秘书处和贸易方进行通报。在收到通报后，秘书处要在尽可能短的时间内，将其分发给所有的WTO成员。正像在通报文件中所详细说明的那样，对此感兴趣的成员可以直接从指定的咨询点或所有其它负责分发法规的机构获得相应(拟议中的)法规的全部文本。按照SPS委员会的建议，通报应当在该法规生效日期的前60天送交WTO秘书处，以便其它成员至少有60天的时间向制订法规的国家提交其反馈意见。如果有必要，进行通报的成员国可以延长反馈期限的截止日期，以便于更多的意见能够在这一过程中得到考虑。在该协定开始运作的最初三年中，大约提交了800份通报。
·格式
卫生与植物卫生法规的通报有一个标准格式。通报必须明确说明发布法规的主管机构及法规的负责机构，所涵盖的产品必须清晰界定，其中必须写明正式标题与法规的简短摘要，以及可获得的文件的指定语言版本。该规定旨在判断被通报的措施是否遵从《SPS协定》或其它WTO协定的规定。各成员必须简要说明是否有相应的国际标准存在，该措施是否是基于这样的国际标准制订的，以及如果不是的话，它与国际标准有什么差异。
·双重角色:SPS/TBT
有时一个单独的法规会拥有两个不同的目标：技术目标(如质量或标签)和卫生或植物卫生目标。在这些情况下，拟通报的法规要分别采用技术性贸易壁垒委员会和卫生与植物卫生措施委员会规定的适当格式分别向两个委员会通报。一般说来，只要不涉及食源性或由动植物所携带的疾病，那么，与人类疾病控制、营养声明、食品包装与食品质量外观有关的措施都遵从《TBT协定》。
·紧急程序
成员政府常对突然爆发的有害生物采取紧急措施。在这种情况下，对该措施的通报必须使用特殊的格式进行。根据此格式，必须明确声明采取该紧急措施的原因以及实施该措施的期限。同时，成员政府应接受来自有关成员国的反馈意见。归根结底，采取紧急措施必须进行适当的风险评估，并且成员政府应提供继续施行此措施的科学依据。
内容来源：海关总署综合司网站